במסגרת תוכנית לתשתיות לאומיות, תת"ל 13, מתוכנן על ידי מע"צ החברה הלאומית לדרכים, הקמת מחלף חדש המתפרס על שטח נרחב בצומת יגור. ברשות נחל הקישון מציינים כי למחלף השפעות סביבתיות שליליות על מרחב הנחל המחבר את רכס הכרמל לגבעות אלונים שפרעם. ביניהן, קרבתו של הכביש לנחל קישון וכן התשטיפים הצפויים להתנקז מהכביש לנחל באיזור רגיש זה
אזור מחלף יגור מהווה מעבר בעלי חיים על ציר הנחל ומסדרון אקולוגי בין רכס הר הכרמל לגבעות אלונים שפרעם. פרוזדור הנחל מהווה מקום מסתור ומעבר לבעלי חיים רבים ומכאן חשיבות שמירת מפתחים מספיקים למעבר חופשי מתחת לגשרים ויצירת מעברים וחציות לאורך תשתיות הכביש. מסילת רכבת העמק המתוכננת אף היא לעבור בסמוך, צפויה לצמצם עוד יותר את המסדרון האקולוגי.
בחוו"ד שנערכה ע"י פרופ' אביטל גזית לבחינת השפעת מחלף יגור על מרחב הנחל, ציין פרופ' גזית: "...ראוי לציין שכבר כיום מהוה אזור צומת יגור צוואר בקבוק של המסדרון. ראשית בשל התנאים הטבעיים באזור זה בו נתון הנחל בעמק צר יחסית שבין הכרמל מצד אחד וגבעות אלונים שפרעם מצד שני. על כך יש להוסיף את ההתרחבות האורבנית והתחבורתית באזור המצמצמת את המסדרון עוד יותר. כאמור המסדרון האקולוגי הכרחי לשמירת רצף אכלוסיות חי וצומח. כיום בעלי חיים נאלצים לעבור מתחת גשר הכביש. אילוץ זה ללא ספק מגביל תנועה חופשית מהמעלה למורד הנחל ולהפך באזור זה."
בתוכנית החברה הלאומית לדרכים, הכביש המתוכנן קרוב עד מאד אל הנחל, כאשר לטענת רשות נחל הקישון הדבר המהווה סתירה לעקרונות שיקום נחלים על פי תמ"א 34/ב/3 לנחלים וניקוז. רשות נחל הקישון הציעה לועדה לתשתיות לאומיות להטות את הנחל ובכך להרחיקו מהכביש ולהקטין את הפגיעה בסביבת הקישון באזור זה. בקשה זו לא אושרה ע"י הות"ל.
חרף עמדת הות"ל בנושא, עומדת רשות נחל הקישון על דעתה כי זהו הפתרון ההכרחי בשמירת מרחב הנחל וערכי הטבע שבו ועל כן פנתה לחברה הלאומית לדרכים לקדם את התוכנית להוספת אפיק לנחל ליצירת חיץ מספק מהמפגע התשתיתי.
לדברי מנכ"ל רשות נחל הקישון הגב' שרון נסים: "בשל החשיבות לשמירת המסדרון האקולוגי בסביבת הנחל, פנינו לחברה הלאומית לדרכים לבחון מחדש את הצעתנו ליצירת אפיק נוסף לנחל המרוחק מהכביש. על פי הצעה זו, יישמר חיץ רחב יותר בשטח של כ- 40 דונם עבור בעלי החיים, בו יפותח אחו לח וישמרו שתי גדות הנחל לטובת הטבע והציבור כאחד. אנו סבורים שבכל פיתוח תשתיות יש להבטיח את השמירה על משאבי הטבע ויש להכניס דרישות סביבתיות במסגרת מטלת הפיתוח של הפרויקט."
